首先，政府門戶網站內容不斷豐富，但缺少服務與個性。我國政府網站的成績主要集中在咨詢公開、線上服務數量上的突破。但與發達國家政府門戶網站聯結的網站相比,我國的差距還很大。以美國為例，美國的政府網站服務內容已經達到了4萬多項，而在我國做得最好的上海市政務網站是4千多項。我國政府網站服務的局部性，嚴重限制了中央政府門戶網站的搜索導航、拓展延伸功能。其次，一部分地方政府門戶網站有名無實。信息不更新，沒有深入鏈接，有的甚至變為“死網”。據相關機構調查評估，目前全國的2500多個政府門戶網站中，約有1/3的網站難以打開；約有1/3的政府網站應用價值比較低；還有相當數量的網站存信息更新不及時、服務功能不健全、發布的信息無時效價值等現象；許多網站只有靜態功能的介紹，欠缺動態信息交互；有的網站與用戶交流溝通的手段單一，相關鏈接范圍窄、深度淺；還有一些政府網站存在著與自己的本職工作聯系不緊，脫離實際等問題。
最后，政府門戶網站的管理體制落后，服務集成度低。我國地方政府門戶提供的在線服務多是按照各部門的網站分類提供，用戶要找到自己所需要的服務還要瀏覽查找相關部門的網站。相比之下，美國在服務集成方面做得比較優秀，以其表格檢索為例，用戶分別可以按照表格號碼、機構名稱、機構列表、機構首字母順序進行檢索，可快速地找到自己需要的表格，而不需要再回到表格所涉及的部門網站去下載。所以無論是在內容建設上，還是在用戶體驗上，我國的政府門戶網站與國外還存在較大的差距。
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